La gestión del patrimonio arqueológico de los pueblos asentados en la Ciudad del Conocimiento Yachay, engloba acciones destinadas a conocer, conservar y difundir la riqueza cultural de la zona. La muestra expone una parte importante de los primeros resultados registrados a lo largo del proceso de monitoreo arqueológico en la Ciudad Yachay. 

Estos elementos permiten realizar una aproximación al quehacer de los pueblos ancestrales a través de los materiales y elementos que emplearon en sus actividades de vida doméstica y espiritual, elaborados en arcilla, hueso, lítica, materiales marinos y metales.

Los objetos se encuentran expuestos por temas: ancestros de Yachay, instrumentos musicales y ceremoniales, intercambios regionales, objetos de vida cotidiana, chacana, plantas y animales y arquitectura ancestral.